小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，寶可夢波爾凱尼恩從天而降并被迫與小智鎖在了一起。波爾凱尼恩與被人類傷害過的寶可夢們共同生活，因此非常討厭人類，但這條神奇的鎖鏈卻讓他們無法分開，奇妙的故事就此開始。小智與皮卡丘又將一起開始新的冒險……另一方面，在超級機關城市阿佐特王國，大臣賈維斯得到了常年追求的終極發明——500年前誕生于阿佐特王國的人造寶可夢瑪機雅娜。據說在瑪機雅娜體內，有被稱為“魂心”的未知力量，貪婪又邪惡的賈維斯企圖利用這股力量來統治王國。小智和波爾凱尼恩將會如何化解彼此的嫌隙？波爾凱尼恩與瑪機雅娜又有著怎樣的淵源？他們要如何共同對抗賈維斯拯救阿佐特王國？瑪機雅娜的最終命運又將如何結局？一場精靈寶可夢史上最偉大的戰役即將展開！